Lòng sông Hạ Tunguska cùng các chi lưu của nó tạo thành một mạng lưới sông suối dày đặc và tạo nên các tuyến đường thuận lợi trong mùa hè để qua các thung lũng rộng tại Đông Siberi. Về mặt lịch sử, sông là một tuyến đường dùng cho mậu dịch da lông thú, đánh cá, vận chuyển hàng hóa và tài nguyên khoáng sản. Săn bắn và mậu dịch da lông thú vẫn đóng một vai trò quan trọng trong kinh tế địa phương.

Việc thông hành trên sông gặp phải khó khăn với các vết nứt, ghềnh và xoáy nước. Các tàu lớn và sà lan có thể đi lại vào mùa xuân và những lúc trời mưa vào cuối hè và đầu thu.[9] Khó khăn lớn nhất đối với hoạt động thông hành của tàu thuyền là thác "Bolshoy", nằm từ 128–130 km tính từ cửa sông. Năm 1927chiêcs tàu hơi nước đầu tiên đã vượt qua ghềnh này và được coi là đã khởi đầu việc đi lại trên sông vào thời hiện đại từ Turukhansk đến Tura. Năm 2010 tuyến đường thủy sông Enisei ([Енисейское речное пароходство] lỗi: {{lang-xx}}: văn bản có thẻ đánh dấu in xiên (trợ giúp)) bao gồm làng Kislokan cách 1.155 km từ cửa sông.[9] Có thể thấy các bè gỗ suốt dọc chiều dài của sông.

Từng có các đề xuất và nghiên cứu vào năm 1911 để xây một tuyến kênh đào nối sông Lena và Hạ Tunguska tại ngoại vi thị trấn Kirensk.[2] Tại nơi này hai con sông cách nhau không quá 15 km, song tại vị trí này Hạ Tunguska đã không còn có thể thông hành và có cao độ 329,7 mét so với mực nước biển, trong khi sông Lena tại địa điểm tương ứng có cao độ 245,3 mét trên mực nước biển.[10][11]